Enligt Socialstyrelsens föreskrifter åligger det legitimerade naprapater att bedriva kvalitetssäkringsarbete. Av föreskrifterna framgår att kvalitetssäkringsarbete skall bedrivas fortlöpande, systematiskt och dokumenterat. Svenska Naprapatförbundets kvalitetssäkringssystem bygger på fyra enkäter och är utformat för att fungera i naprapatens dagliga arbete:

• Kvalitet på mottagningen
• Resultatuppföljning naprapatvård
• Klinikuppföljning
• Avvikelserapport
• hdw